Prezesem NIK Lech Kaczyński był od 1992 do 1995 roku. W trakcie sprawowanej przez niego kadencji zaufanie społeczne do NIK wzrosło z 30 do 60 proc. W tym czasie, pod patronatem NIK organizowano tzw. sympozja falzmannowskie (nazwa pochodzi od nazwiska Michała Falzmanna, kontrolera Izby, który wykrył aferę FOZZ). Był autorem ustawy o NIK z 1994 r., dzięki której instytucja uzyskała niezawisłość i niezależność polityczną. Ustawa ta wyznaczyła wysokie standardy pracy dla kontrolerów NIK.

Obejmując stanowisko, Lech Kaczyński mówił, że struktura NIK-u jest przestarzała, szwankuje informacja. Nowi ludzie powinni być kompetentni i niezwiązani z ugrupowaniami politycznymi.

W 1994 roku, z inicjatywy Lecha Kaczyńskiego, weszła w życie nowa ustawa o Najwyższej Izbie Kontroli, dzięki której instytucja uzyskała niezawisłość i niezależność polityczną. Ustawa ta wyznaczyła wysokie standardy pracy dla kontrolerów NIK.

Sukcesem NIK podczas prezesury Lecha Kaczyńskiego było objęcie badaniami obszarów wcześniej praktycznie niekontrolowanych, takich jak armia, Policja i Straż Graniczna. W latach 1992–1994 w wyniku kontroli NIK odzyskano z różnych tytułów 7200 mld zł, a w tym samym okresie wydatki budżetowe na NIK wyniosły 1200 mld zł (są to kwoty przed denominacją). NIK w czasie prezesury Lecha Kaczyńskiego kontrolował też m.in. sprawę afery przy prywatyzacji Banku Śląskiego.