Lech Kaczyński bol prezidentom NIK v rokoch 1992 až 1995. Počas jeho pôsobenia vzrástla dôvera verejnosti v NIK z 30 na 60 percent. V tom čase pod záštitou NIK vznikli tzv Falzmann sympóziá (názov pochádza z mena Michała Falzmanna, inšpektora komory, ktorý odhalil škandál FOZZ). Bol autorom zákona o NIK z roku 1994, vďaka ktorému inštitúcia získala nezávislosť a politickú nezávislosť. Tento zákon stanovil vysoké pracovné štandardy pre audítorov NIK.
Lech Kaczyński pri nástupe do funkcie povedal, že štruktúra Najvyššej kontrolnej komory je zastaraná a chýbajú informácie. Noví ľudia by mali byť kompetentní a bez vzťahu k politickým stranám.
V roku 1994 vstúpil z iniciatívy Lecha Kaczyńského do platnosti nový zákon o Najvyššom kontrolnom úrade, vďaka ktorému inštitúcia získala nezávislosť a politickú nezávislosť. Tento zákon stanovil vysoké pracovné štandardy pre audítorov NIK.
Úspechom NIK počas predsedníctva Lecha Kaczyńského bolo začlenenie výskumu do predtým prakticky nekontrolovaných oblastí, ako je armáda, polícia a pohraničná stráž. V rokoch 1992–1994 v dôsledku auditu NIK 7 200 miliárd PLN bolo vrátených v rámci rôznych titulova v tom istom období rozpočtové výdavky na NIK dosiahli 1 200 miliárd PLN (to sú sumy pred redenomináciou). Počas predsedníctva Lecha Kaczyńského NIK auditoval okrem iného aj prípad škandálu pri privatizácii Bank Śląski.
