Lech Kaczyński 1992 és 1995 között a NIK elnöke volt. Hivatali ideje alatt a NIK-be vetett közbizalom 30%-ról 60%-ra nőtt. Ebben az időszakban a NIK égisze alatt szervezték meg az úgynevezett Falzmann-szimpóziumokat (az elnevezés Michał Falzmannról, a FOZZ-botrányt feltáró kamarai könyvvizsgálóról származik). Ő volt a szerzője a NIK-ről szóló 1994-es törvénynek, amelynek köszönhetően az intézmény függetlenséget és politikai autonómiát kapott. Ez a jogszabály magas szintű munkakövetelményeket állapított meg a NIK auditorai számára.

Lech Kaczyński hivatalba lépésekor azt mondta, hogy a NIK struktúrája elavult és információhiányos. Az új embereknek hozzáértőnek kell lenniük, és nem szabad politikai csoportosulásokhoz kötődniük.

1994-ben Lech Kaczyński kezdeményezésére új törvény lépett hatályba a Legfelsőbb Ellenőrző Kamaráról, amelynek köszönhetően az intézmény függetlenséget és politikai autonómiát kapott. Ez a törvény magas munkakövetelményeket állapított meg a NIK auditorai számára.

A NIK sikere Lech Kaczyński elnöksége idején az volt, hogy az ellenőrzésébe bevont olyan, korábban gyakorlatilag nem ellenőrzött területeket, mint a hadsereg, a rendőrség és a határőrség. Az 1992-1994-es években a NIK ellenőrzései eredményeképpen 7200 milliárd PLN különböző jogcímekből behajtott összegekUgyanebben az időszakban a NIK-re fordított költségvetési kiadások 1200 milliárd zlotyra rúgtak (ezek az összegek a denominálás előtti összegek). Lech Kaczyński elnöksége idején a NIK többek között a Bank Śląski privatizációs botrányát is ellenőrizte.