Lech Kaczyński byl předsedou NIK v letech 1992-1995. Během jeho funkčního období vzrostla důvěra veřejnosti v NIK z 30 % na 60 %. V této době byla pod záštitou NIK pořádána tzv. falzmannova sympozia (název je odvozen od Michala Falzmanna, auditora Komory, který odhalil skandál FOZZ). Byl autorem zákona o NIK z roku 1994, díky němuž tato instituce získala nezávislost a politickou autonomii. Tento zákon stanovil pro auditory NIK vysoké pracovní standardy.

Lech Kaczyński při svém nástupu do funkce uvedl, že struktura NIK je zastaralá a informace selhávají. Noví lidé by měli být kompetentní a neměli by být spojeni s politickými uskupeními.

V roce 1994 vstoupil z iniciativy Lecha Kaczyńského v platnost nový zákon o Nejvyšší kontrolní komoře, díky němuž tato instituce získala nezávislost a politickou autonomii. Tento zákon stanovil pro auditory NIK vysoké pracovní standardy.

Úspěchem NIK v době prezidentství Lecha Kaczyńského bylo rozšíření vyšetřování na oblasti, které dříve prakticky nebyly kontrolovány, jako je armáda, policie a pohraniční stráž. V letech 1992 až 1994 byly v důsledku auditů NIK 7200 miliard PLN vymožených z různých titulůPLN a ve stejném období činily rozpočtové výdaje na NIK 1,2 miliardy PLN (jedná se o částky před denominací). NIK v době prezidentství Lecha Kaczyńského kontrolovala mimo jiné také privatizační skandál banky Śląski.